Qu'est-ce que le hantavirus ? Virus, famille Hantaviridae et souches

Qu'est-ce que l'hantavirus ? Le hantavirus est un virus à ARN simple brin appartenant à la famille des Hantaviridae, transmis par les rongeurs sauvages. Selon le CDC et l'Institut Pasteur, il regroupe une cinquantaine de souches dont une vingtaine sont pathogènes pour l'humain. Ce dossier explique sa classification taxonomique officielle reconnue par l'ICTV, sa structure virologique, les principaux réservoirs animaux, les souches identifiées (Puumala, Hantaan, Sin Nombre, Andes), son histoire depuis 1976 et les différences entre hantavirus de l'Ancien Monde et du Nouveau Monde.

Qu'est-ce qu'un hantavirus ? Vue d'ensemble

Qu'est-ce que l'hantavirus ? Le terme désigne un groupe de virus à ARN regroupés sous la famille Hantaviridae. Selon la classification de l'ICTV, l'organisme international officiel de taxonomie virale, cette famille appartient à l'ordre des Bunyavirales. Elle a été officiellement établie en 2017, séparant ces virus de l'ancienne famille des Bunyaviridae.

Les hantavirus circulent naturellement chez des rongeurs sauvages, sans rendre malades leurs hôtes. Selon le CDC, leur transmission à l'humain se produit par inhalation d'aérosols contaminés par l'urine, les fèces ou la salive de rongeurs infectés. Plus rarement, la contamination passe par morsure ou contact direct avec des muqueuses.

Sur le plan clinique, deux grandes pathologies humaines sont rattachées aux hantavirus :

• La fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR), observée en Eurasie, principalement causée par les souches Hantaan, Puumala, Dobrava et Seoul
• Le syndrome pulmonaire à hantavirus (SPH), observé dans les Amériques, principalement causé par les souches Sin Nombre et Andes

Selon l'OMS, on estime entre 150 000 et 200 000 cas humains d'infections à hantavirus chaque année dans le monde, dont la majorité en Chine. En Europe, environ 3 000 cas annuels sont rapportés à l'ECDC, avec une forte hétérogénéité géographique. En France, 50 à 150 cas par an sont confirmés par le CNR Hantavirus de l'Institut Pasteur, principalement dans les zones forestières du nord-est.

Le hantavirus est classé par l'OMS et l'ECDC parmi les zoonoses émergentes à surveiller. Une zoonose est une maladie transmissible de l'animal à l'humain, naturellement ou accidentellement. Contrairement à des zoonoses comme la rage, le hantavirus ne se transmet pas par morsure dans la grande majorité des cas : l'inhalation d'aérosols contaminés reste la voie dominante, ce qui rend l'exposition souvent invisible pour la personne contaminée.

Le délai d'incubation typique varie de 1 à 8 semaines selon la souche en cause, avec une médiane proche de 2 à 3 semaines. Cette latence relativement longue rend parfois difficile l'identification de la source d'exposition initiale, notamment pour des activités occasionnelles (nettoyage d'une cabane, vacances en gîte rural, chantier en zone forestière).

Famille Hantaviridae : classification taxonomique ICTV

La classification officielle des hantavirus repose sur les décisions du Comité international de taxonomie des virus (ICTV). Depuis 2017, la famille Hantaviridae est divisée en plusieurs sous-familles et genres. Cette taxonomie est régulièrement mise à jour à mesure que de nouvelles souches sont caractérisées.

Au sein du genre Orthohantavirus, l'ICTV reconnaît officiellement plus de 50 espèces distinctes, identifiées par des critères phylogénétiques et sérologiques. Chaque espèce est définie par une distance génétique minimale, généralement supérieure à 7 % de divergence sur les glycoprotéines.

Cette classification est consultable sur le site officiel de l'ICTV. Elle constitue la référence pour les laboratoires de virologie, les Centres nationaux de référence et les autorités sanitaires internationales.

Aux côtés du genre principal Orthohantavirus, plusieurs autres genres ont été créés ces dernières années pour rendre compte de la diversité réelle de la famille. Le genre Loanvirus regroupe des hantavirus isolés chez des chauves-souris africaines et asiatiques. Le genre Mobatvirus rassemble des souches identifiées chez des musaraignes et des taupes. Les genres Actinovirus et Reptillovirus, plus récents, concernent des hantavirus découverts chez des poissons et des reptiles. Ces dernières lignées ne sont pas associées, à ce jour, à une pathologie humaine documentée.

Cette diversité taxonomique reflète une longue co-évolution entre les hantavirus et leurs hôtes. Les arbres phylogénétiques publiés par l'ICTV montrent que la divergence entre les grandes branches remonte à plusieurs dizaines de millions d'années, suivant globalement la séparation géographique des grands groupes de rongeurs.

Structure du virus : ARN segmenté et glycoprotéines

Sur le plan virologique, le hantavirus présente plusieurs caractéristiques morphologiques et génomiques décrites par l'Institut Pasteur et le CDC.

Morphologie générale

La particule virale (virion) du hantavirus est sphérique à pléiomorphe, d'un diamètre compris entre 80 et 120 nm. Elle est dotée d'une enveloppe lipidique dérivée des membranes cellulaires de l'hôte. À sa surface, des spicules glycoprotéiques de 5 à 10 nm assurent la reconnaissance et l'entrée dans les cellules cibles.

Génome tripartite S, M, L

Le génome du hantavirus est constitué d'ARN simple brin de polarité négative, segmenté en trois fragments distincts :

• Segment S (small, environ 1,7 à 2,1 kb) — code la nucléoprotéine N, qui encapside l'ARN viral
• Segment M (medium, environ 3,6 à 3,7 kb) — code les glycoprotéines Gn et Gc, responsables de l'entrée du virus dans la cellule
• Segment L (large, environ 6,5 à 6,6 kb) — code l'ARN polymérase ARN-dépendante, enzyme assurant la réplication virale

Cette organisation tripartite explique la possibilité de réassortiments génétiques : lorsqu'un même rongeur est infecté par deux souches différentes, les segments peuvent s'échanger lors de la réplication, ce qui peut générer de nouvelles variantes virales.

Cellules cibles et cycle de réplication

Selon le CDC, les hantavirus infectent préférentiellement les cellules endothéliales des microvaisseaux. Cette spécificité explique l'atteinte vasculaire généralisée observée dans les formes graves, avec fuite capillaire, hypotension et défaillance d'organe (rein dans la FHSR, poumon dans le SPH).

L'entrée du virus se fait par l'intermédiaire d'intégrines cellulaires spécifiques : la β3-intégrine pour les hantavirus pathogènes, la β1-intégrine pour les hantavirus non pathogènes. Cette différence moléculaire est l'un des éléments expliquant la virulence variable des souches.

Après attachement, la particule virale est internalisée par endocytose. La fusion entre l'enveloppe virale et la membrane endosomale, déclenchée par l'acidification du compartiment, libère le génome dans le cytoplasme. La réplication se déroule entièrement dans le cytoplasme, sans passage par le noyau, ce qui distingue les hantavirus de nombreux autres virus à ARN.

L'assemblage des nouveaux virions se déroule au niveau de l'appareil de Golgi de la cellule infectée. Les particules néoformées sont ensuite relâchées à la surface cellulaire par exocytose. L'infection des cellules endothéliales ne déclenche pas systématiquement leur destruction : les lésions observées dans les formes graves résulteraient plutôt d'une réaction immunopathologique avec libération massive de cytokines pro-inflammatoires, selon les travaux relayés par l'Inserm.

Réservoirs animaux : rongeurs et autres mammifères

Le réservoir naturel principal des hantavirus est constitué de rongeurs sauvages. Selon le CDC, chaque souche d'hantavirus est associée à une espèce particulière de rongeur, dans une relation de co-évolution ancienne. L'animal infecté excrète le virus dans son urine, ses fèces et sa salive, sans développer de maladie.

Au-delà des rongeurs, des hantavirus ont été détectés chez d'autres mammifères. Selon les publications de l'ICTV, le genre Loanvirus regroupe des hantavirus de chauves-souris, tandis que le genre Mobatvirus rassemble des souches identifiées chez des musaraignes et des taupes. Le rôle épidémiologique humain de ces souches reste à ce jour limité ou non documenté.

En France, le campagnol roussâtre demeure le principal réservoir, avec un taux de portage du virus Puumala variant de 5 à 30 % selon les populations forestières échantillonnées et les cycles démographiques de l'espèce.

Les principales souches pathogènes pour l'humain

Sur la cinquantaine d'hantavirus identifiés, une vingtaine sont actuellement reconnus comme pathogènes pour l'humain selon le CDC et l'ECDC. Voici une synthèse des souches majeures, de leur tableau clinique et de leur létalité observée.

La souche Puumala domine en France et en Europe occidentale. Elle est responsable d'une forme atténuée de FHSR, appelée néphropathie épidémique (NE) en raison de la fréquence de l'atteinte rénale. La létalité reste faible, généralement inférieure à 0,5 %, mais l'hospitalisation est fréquente avec dialyse temporaire dans 5 à 10 % des cas selon Santé publique France.

La souche Andes se distingue par une particularité épidémiologique majeure : c'est le seul hantavirus pour lequel une transmission interhumaine a été documentée, observée pour la première fois en 1996 en Argentine. Cette caractéristique justifie des précautions de type « gouttelettes » et « air » dans la prise en charge hospitalière des cas suspects.

« Hantaviruses are a family of viruses spread mainly by rodents and can cause varied disease syndromes in people worldwide. Each hantavirus serotype has a specific rodent host species and is spread to people via aerosolized virus that is shed in urine, feces, and saliva, and less frequently by a bite from an infected host. »

Histoire de la découverte : 1976-2026

L'histoire des hantavirus s'étend sur plus de 70 ans, depuis les premières observations cliniques de la guerre de Corée jusqu'aux découvertes récentes de nouvelles souches.

Avant 1976 : la fièvre hémorragique de Corée

Pendant la guerre de Corée (1950-1953), plus de 3 000 soldats des Nations unies développent une maladie inconnue caractérisée par fièvre, hémorragies et insuffisance rénale aiguë. Le tableau clinique est rapidement décrit par les médecins militaires sous le nom de fièvre hémorragique de Corée. L'agent causal reste pourtant introuvable pendant plus de deux décennies.

1976 : isolement du virus Hantaan

En 1976, le virologue sud-coréen Ho Wang Lee et son équipe parviennent à isoler le virus responsable à partir de tissus pulmonaires du mulot rayé (Apodemus agrarius) capturé près du fleuve Hantan, en Corée du Sud. Le virus est baptisé « virus Hantaan » et l'ensemble de la famille virale prendra par la suite le nom de hantavirus.

Années 1980 : identification européenne

Dans les années 1980, plusieurs souches européennes sont identifiées. Le virus Puumala est isolé en Finlande en 1980 par Markus Brummer-Korvenkontio, associé au campagnol roussâtre. Le virus Dobrava est ensuite identifié en Slovénie en 1992 chez le mulot à collier, dans le village de Dobrava. Ces découvertes confirment la circulation européenne d'hantavirus pathogènes responsables de néphropathie épidémique.

1993 : l'épidémie des Four Corners et Sin Nombre

En mai 1993, une épidémie inexpliquée frappe la région des Four Corners aux États-Unis (à la jonction de l'Arizona, du Nouveau-Mexique, du Colorado et de l'Utah). De jeunes adultes en bonne santé décèdent de détresse respiratoire aiguë inexpliquée. En quelques semaines, les chercheurs du CDC identifient un nouveau hantavirus, initialement nommé « Muerto Canyon » puis rebaptisé Sin Nombre (« sans nom » en espagnol). C'est la première description du syndrome pulmonaire à hantavirus.

1995 : découverte du virus Andes

Le virus Andes est identifié en 1995 en Argentine et au Chili, associé au rat à pattes blanches. En 1996, une épidémie dans la ville d'El Bolsón (Argentine) démontre pour la première fois la possibilité de transmission interhumaine d'un hantavirus, fait inédit à l'époque.

2017 : officialisation de la famille Hantaviridae

En 2017, l'ICTV officialise la séparation des hantavirus de l'ancienne famille Bunyaviridae et crée la famille Hantaviridae à part entière. Cette décision reflète les avancées de la phylogénie moléculaire et la spécificité des relations avec les rongeurs hôtes.

Années 2020-2026 : nouvelles souches et alertes

Depuis 2020, plusieurs nouvelles souches d'hantavirus sont décrites, notamment chez des chauves-souris et des musaraignes. En 2026, un cas exceptionnel d'hantavirus Andes importé est confirmé en France, conduisant à l'arrêté du 9 mai 2026 prescrivant des mesures d'urgence sanitaire et à la mobilisation du CNR Hantavirus de l'Institut Pasteur (voir notre article Premier cas d'hantavirus Andes en France).

Hantavirus de l'Ancien Monde vs Nouveau Monde

Sur le plan épidémiologique et clinique, les hantavirus se répartissent en deux grands groupes géographiques aux caractéristiques distinctes.

Cette distinction n'est pas absolue : certaines souches de l'Ancien Monde (Seoul notamment) ont une distribution mondiale grâce à la dissémination du rat surmulot. À l'inverse, certaines souches du Nouveau Monde présentent des tableaux mixtes associant atteinte pulmonaire et atteinte rénale, regroupés parfois sous l'acronyme HCPS-HFRS.

Sur le plan évolutif, les deux grands groupes ont divergé il y a plusieurs millions d'années, suivant la séparation géographique des sous-familles de rongeurs hôtes. Les analyses phylogénétiques publiées par l'ICTV confirment la cohérence de cette répartition.

Recherche actuelle et nouvelles souches

La recherche sur les hantavirus est active à l'échelle internationale. Selon l'Inserm et l'Institut Pasteur, plusieurs axes de travail se distinguent en 2026.

Surveillance génomique et nouvelles souches

Les techniques de séquençage à haut débit permettent d'identifier régulièrement de nouvelles souches d'hantavirus, notamment chez des hôtes inattendus. Au cours des dix dernières années, des hantavirus ont été détectés chez :

• Plusieurs espèces de chauves-souris (genre Loanvirus)
• Des musaraignes et des taupes (genre Mobatvirus)
• Des poissons et des reptiles (genres Actinovirus, Reptillovirus)

Le rôle épidémiologique humain de ces souches reste à évaluer, mais leur diversité interroge sur la complexité évolutive de la famille Hantaviridae.

Traitements et vaccins en développement

Plusieurs candidats vaccins sont à l'étude selon l'ECDC et l'Inserm :

• Vaccins à ADN ciblant la glycoprotéine Gn (essais cliniques de phase II)
• Vaccins à ARN messager inspirés des plateformes COVID-19
• Vaccins à vecteur viral (adénovirus, virus de la stomatite vésiculeuse)

Sur le plan thérapeutique, plusieurs molécules sont évaluées : la ribavirine (déjà utilisée dans certains pays asiatiques contre la FHSR), des anticorps monoclonaux neutralisants, et de nouveaux antiviraux à large spectre. À ce jour, aucun traitement spécifique n'est officiellement autorisé en France (voir notre dossier Traitement et prise en charge médicale).

Recherche française et CNR Hantavirus

En France, le Centre National de Référence des Hantavirus, rattaché à l'Institut Pasteur, anime la surveillance génomique nationale. Il publie régulièrement des bulletins épidémiologiques et caractérise les souches circulantes. Les équipes de l'Inserm collaborent à l'identification de nouveaux candidats vaccins et à l'étude des mécanismes immunopathologiques de la maladie.

« Le CNR des Hantavirus a pour mission l'expertise microbiologique, la contribution à la surveillance épidémiologique, l'alerte, et le conseil aux professionnels de santé et aux autorités sanitaires. »

L'arrivée d'un premier cas d'hantavirus Andes en France en 2026 a renforcé la mobilisation des acteurs nationaux, avec l'arrêté ministériel du 9 mai 2026 et la coordination étroite entre Santé publique France, le CNR, les Agences Régionales de Santé et les services hospitaliers d'infectiologie.

Pour aller plus loin

• Symptômes du hantavirus à reconnaître
• Comment se transmet le hantavirus
• Diagnostic du hantavirus : sérologie et PCR
• Traitement et prise en charge médicale
• Prévention du hantavirus
• Souche Puumala — hantavirus dominant en France
• Souche Andes — transmission interhumaine documentée
• Souche Hantaan — souche asiatique de référence
• Souche Dobrava-Belgrade — souche européenne la plus sévère
• Souche Seoul — souche cosmopolite des rats urbains
• Souche Sin Nombre — syndrome pulmonaire nord-américain
• Premier cas d'hantavirus Andes en France en 2026
• Liste complète des sources scientifiques