Hantavirus Seoul : la souche cosmopolite des rats urbains

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Le hantavirus Seoul (SEOV) est une souche de hantavirus à la distribution cosmopolite, portée par le rat brun (Rattus norvegicus) qui a colonisé toutes les zones urbaines du monde. Selon le CDC et l'ECDC, il provoque une fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR) de sévérité modérée, avec une létalité estimée à 1 à 2 %. Contrairement au virus Puumala, dont la circulation française est rurale et forestière, le Seoul circule en milieu urbain, ce qui en fait une préoccupation spécifique des grandes villes portuaires et de leurs parcs urbains.

Métro et zones urbaines : le virus Seoul est porté par le rat brun cosmopolite Rattus norvegicus présent dans les villes du monde entier
Le virus Seoul circule en zones urbaines via le rat brun (Rattus norvegicus), réservoir cosmopolite.

Le virus Seoul : présentation générale

Le virus Seoul (SEOV) appartient au genre Orthohantavirus, famille des Hantaviridae, ordre des Bunyavirales. Selon l'ECDC et le CDC, il s'agit d'un virus à ARN simple brin de polarité négative, segmenté en trois fragments génomiques (S, M, L) codant respectivement la nucléoprotéine, les glycoprotéines d'enveloppe (Gn et Gc) et l'ARN polymérase virale. Sa structure générale est commune à celle des autres hantavirus, mais sa séquence et ses propriétés antigéniques permettent de le distinguer clairement des souches Hantaan, Puumala ou Dobrava.

Le virus Seoul se caractérise par trois éléments qui le distinguent des autres hantavirus de l'Ancien Monde :

  • Un réservoir cosmopolite : le rat brun (Rattus norvegicus) est présent sur tous les continents habités
  • Une circulation urbaine, et non rurale ou forestière comme Puumala ou Hantaan
  • Une sévérité clinique modérée, intermédiaire entre la bénignité du Puumala et la gravité du Hantaan ou Dobrava

« Seoul virus is carried by the brown rat (Rattus norvegicus) and causes a moderate form of haemorrhagic fever with renal syndrome. Unlike other Old World hantaviruses, Seoul virus has a worldwide distribution that follows that of its reservoir, particularly in port cities and urban environments. »

— ECDC, Hantavirus infection factsheet

Découverte en 1980 à Séoul (Corée du Sud)

Selon la littérature scientifique de référence reprise par le CDC et l'ECDC, le virus Seoul a été isolé pour la première fois en 1980 à Séoul, capitale de la Corée du Sud, par l'équipe du virologue Ho Wang Lee. Cette équipe avait déjà identifié en 1976 le virus prototype Hantaan, à partir de prélèvements effectués sur des mulots rayés (Apodemus agrarius) près de la rivière Hantan, en zone démilitarisée coréenne. Ces travaux ont fondé la virologie moderne des hantavirus et ont valu à Ho Wang Lee une reconnaissance internationale.

L'identification du virus Seoul a répondu à une question épidémiologique importante : pourquoi observait-on des cas de FHSR chez des citadins de Séoul n'ayant aucune exposition rurale, donc aucun contact avec les mulots rayés porteurs de Hantaan ? L'enquête a démontré qu'un second hantavirus circulait dans la ville, porté cette fois par les rats bruns qui infestaient les zones urbaines denses. Cette découverte a confirmé l'existence d'un réservoir urbain spécifique et a ouvert la voie à la reconnaissance d'une circulation mondiale du virus Seoul, partout où le rat brun est présent.

Réservoir naturel : le rat brun (Rattus norvegicus)

Selon le CDC et l'ECDC, le réservoir principal du virus Seoul est le rat brun, encore appelé rat surmulot, rat d'égout ou rat de Norvège (Rattus norvegicus). Il s'agit d'un rongeur de la famille des Muridae mesurant 20 à 25 cm de corps (sans la queue), pesant 200 à 500 g, à pelage brun-gris sur le dos et plus clair sur le ventre, à queue plus courte que le corps. Originaire des steppes d'Asie centrale, il a colonisé l'ensemble du globe en suivant les déplacements humains, notamment maritimes.

Habitat et écologie du rat brun

Le rat brun est un rongeur essentiellement terricole, vivant en colonies structurées. Il fréquente prioritairement :

  • Égouts et réseaux d'assainissement urbains
  • Caves, sous-sols, parkings souterrains
  • Décharges, dépôts d'ordures, zones de tri
  • Ports, quais, entrepôts, marchés alimentaires
  • Berges de cours d'eau et plans d'eau urbains
  • Parcs urbains, en particulier autour des points d'eau et des poubelles
  • Friches industrielles et chantiers
  • Élevages, abattoirs, exploitations agricoles

Le rat brun est omnivore opportuniste, principalement actif au crépuscule et la nuit. Sa proximité avec les activités humaines en fait un commensal majeur des villes du monde entier. Les populations de rats bruns en milieu urbain sont estimées en millions d'individus dans les grandes capitales mondiales.

Excrétion virale et persistance

Le rat brun infecté par le virus Seoul excrète le virus dans son urine, ses fèces et sa salive pendant plusieurs mois, voire à vie, sans présenter lui-même de maladie. Selon le CDC, l'animal devient un porteur chronique asymptomatique, contaminant durablement son environnement. La séroprévalence chez les rats bruns urbains varie selon les villes et les études, mais peut dépasser 20 % dans certaines colonies.

Le virus Seoul survit plusieurs jours dans l'environnement, en particulier dans les milieux frais, humides et à l'abri du soleil direct (caves, sous-sols, égouts). Les rayons ultraviolets, la chaleur et les désinfectants standard (eau de Javel diluée, alcool, ammonium quaternaire) inactivent le virus.

Distribution mondiale (présence cosmopolite urbaine)

Selon le CDC et l'ECDC, le virus Seoul présente une distribution cosmopolite, qui suit celle de son réservoir, le rat brun. Il est documenté sur tous les continents habités :

Distribution mondiale documentée du virus Seoul
RégionNiveau de circulationSources principales
Asie de l'Est (Corée, Chine, Japon)ÉlevéFoyer historique, milliers de cas
Europe (Royaume-Uni, Belgique, Pays-Bas, France)Sporadique à modéréECDC, RIVM, Sciensano
Amérique du Nord (États-Unis, Canada)SporadiqueCDC (épidémie NAC 2017)
Amérique du SudSporadiqueÉtudes séro-épidémiologiques
AfriqueSous-documentéQuelques études séro-épidémiologiques
Australie, OcéanieSporadiqueÉtudes portuaires

Cette distribution cosmopolite contraste fortement avec celle des autres hantavirus, en particulier :

  • Puumala : limité à l'Europe (zones forestières tempérées)
  • Hantaan : limité à l'Asie de l'Est (zones rurales)
  • Sin Nombre : limité à l'Amérique du Nord (sud-ouest des États-Unis)
  • Andes : limité à l'Amérique du Sud (Argentine, Chili)

Le virus Seoul est ainsi le seul hantavirus véritablement mondial, du fait du succès écologique de son réservoir.

FHSR modérée provoquée par Seoul (létalité 1-2 %)

Selon l'ECDC et le MSD Manual, l'infection à virus Seoul provoque une fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR) de sévérité modérée, intermédiaire entre la bénignité du Puumala et la gravité des souches asiatiques Hantaan et Dobrava. La létalité globale est estimée à 1 à 2 %.

Comparatif des souches FHSR

Comparatif des souches de hantavirus responsables de FHSR
SoucheRéservoirDistributionSévéritéLétalité
PuumalaCampagnol roussâtreEurope (rurale)Atténuée< 0,4 %
SeoulRat brunMondiale (urbaine)Modérée1 à 2 %
DobravaMulot à collierBalkans, Europe de l'EstSévèreJusqu'à 12 %
HantaanMulot rayéAsie de l'EstSévère5 à 15 %

Tableau clinique de la FHSR Seoul

Selon le MSD Manual, l'infection à virus Seoul suit globalement les cinq phases classiques de la FHSR (fébrile, hypotensive, oligurique, polyurique, convalescence), mais souvent de manière moins tranchée que pour Hantaan. Les principaux signes sont :

  • Fièvre brutale > 38,5 °C pendant 3 à 7 jours
  • Céphalées intenses, photophobie
  • Myalgies et arthralgies diffuses
  • Douleurs lombaires bilatérales
  • Troubles digestifs : nausées, vomissements, diarrhée
  • Atteinte rénale aiguë : oligurie puis polyurie, protéinurie
  • Thrombopénie (plaquettes < 150 000/mm³)
  • Signes hémorragiques modérés : pétéchies, épistaxis, microhématurie
  • Atteinte hépatique : élévation modérée des transaminases (plus fréquente avec Seoul qu'avec Puumala)

L'atteinte hépatique est un signe relativement spécifique de la FHSR Seoul, alors qu'elle est plus rare dans la FHSR Puumala. La phase aiguë dure 1 à 2 semaines, suivie d'une convalescence de plusieurs semaines. Une hospitalisation est habituelle, et environ 5 à 10 % des patients nécessitent une épuration extra-rénale transitoire.

Cas en France et focus sur l'épisode Lyon Parc Tête d'Or 2024

Circulation du virus Seoul en France

Selon Santé publique France, l'ECDC et le CNR Hantavirus de l'Institut Pasteur, le virus Seoul circule en France métropolitaine de manière sporadique. Des études séro-épidémiologiques conduites chez les rats bruns urbains ont mis en évidence une circulation virale dans plusieurs grandes villes françaises, notamment dans les ports (Marseille, Le Havre, Bordeaux, Dunkerque) et dans les zones urbaines denses. La prévalence virale chez les rats varie selon les colonies et les périodes.

Les cas humains identifiés en France restent rares comparés au virus Puumala, qui domine très largement l'épidémiologie nationale avec 100 à 200 cas confirmés par an. Les cas Seoul sont typiquement sporadiques, parfois liés à une exposition professionnelle (égoutiers, dératiseurs), à une morsure de rat ou à une exposition domestique. Une sous-déclaration importante est probable, car le tableau clinique modéré peut passer inaperçu ou être attribué à une autre cause sans réalisation systématique d'une sérologie hantavirus.

Épisode du Parc de la Tête d'Or à Lyon (2024)

Selon les communications publiques disponibles, des cas humains attribués au virus Seoul ont été signalés à Lyon en lien avec la fréquentation du Parc de la Tête d'Or au cours de l'année 2024. Cet épisode a fait l'objet d'une couverture médiatique significative. Les éléments rapportés mentionnaient la présence d'une population importante de rats bruns dans ce vaste parc urbain et l'identification du virus Seoul chez certains de ces rongeurs lors de captures à des fins d'expertise.

Pour les éléments officiels (nombre de cas humains confirmés, chronologie, mesures de gestion mises en œuvre par la mairie, l'ARS et le CNR), il convient de se référer aux communications officielles de l'ARS Auvergne-Rhône-Alpes, de Santé publique France et du CNR Hantavirus de l'Institut Pasteur, seules sources habilitées à confirmer précisément les données épidémiologiques. Aucun chiffre n'est ici avancé en l'absence de référence officielle directement consultable. Cet épisode, indépendamment de son ampleur précise, illustre la réalité du risque hantavirus Seoul en milieu urbain français.

Pour mémoire : épidémie NAC rats USA 2017

Le CDC a documenté en 2017 aux États-Unis une épidémie multi-États d'infections à virus Seoul liée à des rats domestiques (NAC) vendus par des élevages, qui s'étaient contaminés à partir de populations sauvages. Plusieurs dizaines de cas humains ont été identifiés dans une quinzaine d'États, parmi les propriétaires et employés d'élevages. Cet épisode rappelle que les rats de compagnie, bien que rarement, peuvent être source d'infection à virus Seoul s'ils proviennent d'élevages mal contrôlés ou ont été en contact avec des populations sauvages.

Risque urbain : population concernée

Selon le CDC, l'ECDC et l'INRS, plusieurs populations présentent un risque accru d'exposition au virus Seoul en milieu urbain.

Populations professionnelles à risque

  • Égoutiers et agents des réseaux d'assainissement
  • Dératiseurs et entreprises de lutte antiparasitaire
  • Ouvriers du bâtiment intervenant en sous-sols, caves et locaux techniques anciens
  • Employés portuaires, dockers, agents des silos portuaires
  • Agents des espaces verts intervenant dans les parcs urbains et leurs locaux techniques
  • Personnel des décharges, déchetteries, centres de tri
  • Personnel des abattoirs et marchés alimentaires
  • Vétérinaires et personnel animalier manipulant des rongeurs (rats de laboratoire, NAC)
  • Personnel des laboratoires de recherche utilisant des rats

Populations non professionnelles exposées

  • Propriétaires de NAC rats domestiques issus d'élevages mal contrôlés
  • Personnes sans domicile fixe et résidant dans des conditions précaires en contact avec des rats
  • Résidents de logements insalubres ou d'immeubles anciens dégradés
  • Personnes nettoyant un sous-sol, cave, garage infesté de rats sans précautions
  • Personnes mordues par un rat sauvage ou domestique

Prévention en milieu urbain et lutte contre les rats

En l'absence de vaccin disponible en Europe contre le virus Seoul, la prévention repose sur la réduction de l'exposition et la lutte contre les populations de rats. Selon Santé publique France, le CDC et l'INRS, plusieurs mesures s'articulent à différents niveaux.

Mesures individuelles

  • Ne pas nourrir les rats dans les parcs urbains, ne pas jeter de déchets alimentaires
  • Stocker les denrées dans des contenants hermétiques résistants aux rongeurs
  • Boucher les ouvertures de plus de 6 mm autour des tuyaux, gaines et fondations
  • Maintenir la propreté des poubelles, locaux à ordures et caves
  • Aérer 30 minutes minimum tout local fermé infesté avant d'y intervenir
  • Humidifier avant de nettoyer avec de l'eau de Javel diluée (1 volume de Javel pour 9 volumes d'eau), laisser agir 15 minutes
  • Ne jamais balayer à sec ni passer l'aspirateur sur des excréments de rongeurs (création d'aérosols)
  • Porter EPI complets lors du nettoyage : gants en caoutchouc, masque FFP2 ou FFP3, lunettes de protection, combinaison jetable
  • Laver soigneusement les mains au savon après intervention
  • Ne pas manipuler de rat mort à mains nues

Mesures collectives (collectivités, syndics, employeurs)

  • Programmes de dératisation coordonnés par les mairies et services d'hygiène
  • Entretien régulier des réseaux d'égouts et bouches d'égout
  • Gestion stricte des déchets en zones urbaines denses
  • Information du public dans les parcs urbains concernés
  • Surveillance épidémiologique des populations de rats (séroprévalence) dans les villes à risque
  • Formation des agents intervenant en sous-sols, caves et égouts (INRS)

Conduite à tenir en cas de suspicion d'infection

Si vous avez été exposé à des rats ou à leurs déjections (nettoyage de sous-sol, morsure, exposition professionnelle) et que vous présentez dans les 4 à 6 semaines suivantes une fièvre élevée, des céphalées intenses, des douleurs lombaires, des troubles urinaires ou des signes hémorragiques :

  • Consultez rapidement votre médecin traitant en mentionnant l'exposition aux rats
  • Le médecin pourra prescrire un bilan biologique (NFS-plaquettes, créatinine, transaminases, CRP, bandelette urinaire)
  • Une sérologie Hantavirus sera demandée au CNR Hantavirus de l'Institut Pasteur en cas de suspicion clinique
  • En cas de signes graves (oligurie franche, signes hémorragiques, confusion), appelez le 15 (SAMU)

Pour aller plus loin

Questions fréquentes

Qu'est-ce que le virus Seoul ?

Le virus Seoul (SEOV) est une souche de hantavirus appartenant au genre Orthohantavirus, famille des Hantaviridae. Selon le CDC et l'ECDC, il est porté par le rat brun (Rattus norvegicus) et, dans une moindre mesure, par le rat noir (Rattus rattus). Contrairement aux autres souches de hantavirus dont la distribution est limitée à une région du globe, Seoul présente une distribution cosmopolite, suivant celle de son réservoir : les rats urbains qui ont colonisé toutes les villes portuaires et zones urbaines du monde. Il provoque une fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR) de sévérité modérée, avec une létalité estimée à 1 à 2 % selon l'ECDC.

Où le virus a-t-il été découvert ?

Selon le CDC et la littérature scientifique de référence, le virus Seoul a été isolé pour la première fois en 1980 à Séoul, en Corée du Sud, par l'équipe du virologue coréen Ho Wang Lee, qui avait déjà identifié le prototype Hantaan en 1976. Le virus a été isolé à partir de rats bruns (Rattus norvegicus) capturés dans la capitale sud-coréenne, où des cas de fièvre hémorragique avec syndrome rénal étaient observés chez des citadins n'ayant pas eu d'exposition rurale. Cette découverte a confirmé l'existence d'un réservoir urbain distinct du réservoir rural des mulots rayés porteurs de Hantaan, et a ouvert un nouveau chapitre de l'épidémiologie urbaine des hantaviroses.

Quels rats sont concernés ?

Selon le CDC et l'ECDC, le réservoir principal du virus Seoul est le rat brun, encore appelé rat surmulot ou rat d'égout (Rattus norvegicus). Il s'agit du rat le plus répandu en Europe et dans les zones urbaines tempérées du monde. Le rat noir (Rattus rattus), plus arboricole et plus présent dans les zones tropicales et portuaires, peut également porter le virus, mais à une prévalence généralement plus faible. Les rats d'élevage et certains rats de compagnie (NAC) peuvent être infectés s'ils ont été en contact avec des populations sauvages contaminées, comme l'a démontré l'épidémie multi-États documentée par le CDC en 2017 aux États-Unis.

Le Seoul est-il présent en France ?

Oui. Selon Santé publique France, l'ECDC et le Centre National de Référence Hantavirus de l'Institut Pasteur, le virus Seoul circule en France métropolitaine de manière sporadique. Des études séro-épidémiologiques ont mis en évidence une circulation chez les rats urbains de plusieurs grandes villes françaises, notamment dans les ports et les zones urbaines denses. Les cas humains identifiés restent rares comparés au virus Puumala (qui domine très largement l'épidémiologie nationale avec 100 à 200 cas par an), mais des cas sporadiques sont régulièrement détectés. La sous-déclaration est probable, car le tableau clinique modéré peut passer inaperçu ou être attribué à une autre cause.

Y a-t-il eu des cas à Lyon ?

Selon les communications publiques disponibles, des cas humains attribués au virus Seoul ont été signalés à Lyon en lien avec la fréquentation du Parc de la Tête d'Or au cours de l'année 2024. Cet épisode a fait l'objet d'une couverture médiatique mais les chiffres exacts et le bilan définitif doivent être consultés auprès de l'ARS Auvergne-Rhône-Alpes, de Santé publique France et du CNR Hantavirus de l'Institut Pasteur, seules sources officielles habilitées à confirmer ces données. Cet épisode illustre la réalité du risque hantavirus Seoul en milieu urbain français, lié à la cohabitation entre populations humaines fréquentant les parcs urbains et populations de rats bruns.

Faut-il craindre les rats des villes ?

Le risque d'infection à virus Seoul en milieu urbain existe mais reste faible pour le grand public, selon l'ECDC et Santé publique France. Tous les rats urbains ne sont pas porteurs du virus, et la transmission nécessite une exposition spécifique : inhalation d'aérosols dans un local infesté, contact direct avec un rat (morsure, manipulation), ou contact main-bouche après contact avec des déjections. Les populations les plus exposées sont les égoutiers, dératiseurs, ouvriers du bâtiment intervenant en sous-sols, sans-abris en contact avec des rongeurs, ou propriétaires de rats domestiques contaminés. La promenade dans un parc urbain n'expose pas significativement, sauf à manipuler un rat ou ses excréments.

Quels sont les symptômes ?

Selon le MSD Manual et l'ECDC, l'infection à virus Seoul provoque un tableau de fièvre hémorragique avec syndrome rénal de sévérité modérée, intermédiaire entre la forme atténuée du Puumala et les formes sévères Hantaan ou Dobrava. Les symptômes débutent brutalement après une incubation de 2 à 4 semaines : fièvre élevée, céphalées intenses, myalgies, douleurs lombaires, troubles digestifs (nausées, vomissements). On peut observer une atteinte rénale aiguë avec oligurie puis polyurie, une thrombopénie, des signes hémorragiques modérés (pétéchies, épistaxis), et parfois une atteinte hépatique. L'évolution est généralement favorable mais peut nécessiter une hospitalisation.

Le Seoul est-il contagieux entre humains ?

Non. Selon le CDC, l'ECDC et le MSD Manual, le virus Seoul n'est pas transmissible d'une personne à une autre. Comme les autres hantavirus de l'Ancien Monde (Puumala, Hantaan, Dobrava), il ne présente aucune transmission interhumaine documentée. Seul le virus Andes en Amérique du Sud a démontré une transmission interhumaine, ce qui en fait une exception dans la famille des hantavirus et justifie une surveillance renforcée des cas importés. Aucune mesure d'isolement n'est requise autour d'un patient infecté par le virus Seoul. Le seul mode de transmission documenté est l'exposition aux rats infectés ou à leurs déjections.

Comment se transmet-il ?

Selon le CDC et l'ECDC, la transmission du virus Seoul à l'homme se fait principalement par inhalation d'aérosols contaminés générés par l'urine, les fèces ou la salive de rats infectés. Le balayage à sec, la manipulation de déchets, le nettoyage de sous-sols ou de locaux infestés sans précautions, l'aspiration de poussières en présence d'excréments de rongeurs sont des situations à haut risque. La contamination peut aussi survenir par contact direct (morsure de rat, manipulation à mains nues), par contact main-bouche après contact avec des surfaces souillées, ou plus rarement par ingestion d'aliments contaminés. La transmission par les NAC rats domestiques infectés est documentée par le CDC.

Quelle est la létalité ?

Selon l'ECDC et le MSD Manual, la létalité de l'infection à virus Seoul est estimée entre 1 et 2 %. Elle est nettement plus élevée que celle du Puumala (inférieure à 0,4 %), mais nettement inférieure à celle des souches asiatiques sévères Hantaan (5 à 15 %) ou Dobrava (jusqu'à 12 %). Elle est très inférieure à celle du syndrome pulmonaire à hantavirus (SPH) lié au virus Sin Nombre (environ 38 % aux États-Unis selon le CDC) ou au virus Andes (30 à 50 % en Amérique du Sud). Les décès liés à Seoul concernent essentiellement des patients âgés, fragiles ou pris en charge tardivement. La grande majorité des patients récupèrent complètement.

Comment se protéger en ville ?

Selon Santé publique France et le CDC, plusieurs mesures simples permettent de réduire le risque d'infection à virus Seoul en milieu urbain. Évitez les contacts directs avec les rats : ne les nourrissez pas, ne les manipulez pas, ne touchez pas un cadavre à mains nues. Stockez vos déchets et denrées alimentaires dans des contenants hermétiques pour ne pas attirer les rongeurs. Lors du nettoyage d'une cave, sous-sol, garage ou local infesté, aérez 30 minutes minimum, humidifiez avec de l'eau de Javel diluée et portez gants, masque FFP2 et lunettes. Les égoutiers, dératiseurs et ouvriers en sous-sols doivent suivre les protocoles INRS spécifiques de prévention biologique.

Que faire en cas de morsure de rat ?

En cas de morsure de rat, lavez immédiatement la plaie abondamment à l'eau et au savon pendant 5 minutes, puis désinfectez avec un antiseptique. Consultez rapidement un médecin ou un service d'urgences pour évaluation : la morsure de rat expose à plusieurs infections (tétanos, leptospirose, sodoku, infection à Streptobacillus, hantavirus Seoul). Vérifiez votre statut vaccinal antitétanique et signalez l'incident. Si vous présentez de la fièvre, des céphalées, des douleurs lombaires ou des troubles urinaires dans les 4 à 6 semaines suivant la morsure, reconsultez en mentionnant l'antécédent. Le médecin pourra prescrire une sérologie Hantavirus auprès du CNR Hantavirus de l'Institut Pasteur si la suspicion clinique est forte.